Forma de facturar servicios dentro de misma e.

No es correcto, esto sería como facturar dos veces y legalmente no se debe hacer, por lo tanto el IVA tampoco va.
Si lo que la empresa quiere es identificar los gastos que tiene que hacer tien cada obra, puedes hacer una relación de esos gastos en algún tipo de documento pero unicamente como control, para poder hallar los costos y poder analizar la utilidad que pueda generarle cada obra.
Supongamos que un camión incurre en un gasto(ejemplo combustible) con el cual puede hacer un manenimiento a 3 obras diferentes, aquí lo que podría hacer es identificar que parte de de ese gasto se utilizó en cada obra y llevarlo a un aplanilla diseñada para esa obra y así ir creando un estado de costos para cada obra.
Lo anterior suponiendo que la constructora ha firmado un contrato a todo costo para esa obra, donde la constructora corre con todo los gastos que se incurran durante el desarrollo de la misma.
Si no es así, es decir, una obra contrata a la constructora unicamente p para que le transporte material,(la obra no está a cargo de la constructora), entonces si podrías facturar como tu dices, incluyendo IVA si la empresa es responsable de recaudar el IVA.
Hasta pronto.

Muchas gracias por tu contestación. Me gustaría explicarte un poco más lo que pretendemos; en realidad se trataría de considerar dos actividades distintas dentro de la misma empresa: construcción y transporte, como si la empresa contratara a una empresa de transporte, de hecho el encargado de la obra le firma al transportista (ambos empleados nuestros) albaranes de entrega con el número de horas empleado en cada obra, por lo que nos sería fácil facturar las horas firmadas a un precio estipulado. El beneficio o pérdida del transporte vendría dado por la diferencia entre la suma de todas las cuentas de gastos relacionadas con el transporte (combustible, personal, seguros, mantenimiento, amortizaciones ...) y las "facturas" por horas a las obras.
¿Esto lo podría hacer internamente pasando el importe al DE de la cuenta de gastos de la obra u obras en cuestión y al H de la cta. 700 de ventas de esa obra?. ¿Es correcto un asiento de tales características?.
En realidad, he tratado de pasar los vehículos y los trabajadores a otra empresa, pero me resulta bastante complejo por el tema de las tarjetas de transporte, por lo que me gustaría saber si lo que propongo es posible desde el punto de vista contable y legal.
Muchísimas gracias por la atención prestada.