Cuota autónomos administrador e IRPF

Para ti ninguna, para la empresa si hay diferencia.

Para la empresa es un gasto real, que si lo pago yo no lo tiene. La empresa es mía, voy a firmar la constitución este mes, con lo que el gasto lo voy a tener de todos modos. Quiero saber si es mejor para mí pagarlo (domiciliarlo) a través de la empresa o directamente hacerlo yo, en función de cómo afecte a mi declaración de la renta.
Si paga la empresa: tiene un gasto real que minora el beneficio del ejercicio, paga 110 por esa retrib en especie y en mi IRFP, ¿cómo afecta? ¿Lo tratan como un gasto de seg social que se deduce de mis ingresos anuales?
Si pago yo: la empresa no se deduce ese gasto, yo pago las cuotas a la seg social, ¿pero cómo lo notifico a hacienda? ¿Se tratará igual como una reducción de los ingresos anuales para calcular mi IRPF?
Si no lo he entendido mal, me interesa pasarlo como una retrib en especie y así la empresa tiene menor beneficio y paga menos por sociedades, y yo puedo deducirlo de igual forma en el IRPF, ¿es así?

Equilicua, Si no lo contabilizas como gasto tendrás que pagar más IS, En cambio si lo pagas como retribución en especie si computara como gasto.
O sea, olvidate de si es un gasto real o no. El gasto lo vas a tener si o si, por que es tuya la sociedad y encima el autónomo eres tu, lo que pasa es que hay que hacer las cosas con cabeza para ahorrarse algún dinerillo.
Es como si te compras un coche, que te compensara más, ponerlo a tu nombre o a nombre de la sociedad. Evidentemente al de la sociedad por que te puedes deducir el IVA.
¿Entiendes?

¿Me recomiendas ponerlo a cargo de la empresa? Ya estoy hecha un lío porque mi asesor me dice lo contrario. Según él, si lo paga la empresa me aparecerá como mayor sueldo, pero no me lo puedo deducir como gasto a la Seg social porque no lo pago yo (tampoco lo entiendo, ¿no es un ingreso a cuenta?), y para la empresa aparece como salida de dinero (gasto) pero a la hora de hacer el balance dice que qyeda neutro porque también se refleja como ingreso (no entiendo nada). ¿Me puedes ayudar?

Imagina que las cuotas de autónomos son 4000 euros al año.
Si optas por contabilizarlo para la empresa se ahorra un 25% de 4000 en cambio tu en tu declaración de la renta lo tienes que imputar como ingreso por que se trata de una retribución en especie.
Si optas por no contablizarlo tributara solo en tu declaración de la renta como un gasto deducible de la seguridad social.
Todos estos datos son reales y las cantidades las tienes tu solo tienes que echar cuentas para ver que te interesa más.
Yo, a simple vista creo que te interesa más la opción primera, por que te ahorras más.

¿Y eso que me dicen que si lo pago a través de la empresa recibe un trato neutro? Que primero aparece como gasto deducible para la empresa pero que luego, ¿a la hora de hacer el imp s/benef aparece como ingreso y por lo tanto queda neutro? Es la primera vez que lo oigo, pero por si las dudas prefiero preguntarlo (me lo ha dicho un asesor fiscal, pero me suena a chino, la verdad)

NO.
A ver una cosa es el impuesto que gravan a las personas como tu y como yo (IRPF) y otra cosa muy muy distinta es el impuesto que grava a las empresas que es el IS.
En el IS se considera gasto de ducible y en IRPF se considera como ingreso. Y nunca llega a ser neutro por que los tipos impositivos de ambos son diferentes.