No, al final pagas por la ganancia total, sumando la de los dos fondos, en el caso que indicas serían 5.500e.
Con los fondos acabas pagando lo mismo, pero la ventaja es que pagas en el momento que tu decidas.
Si tienes un plazo, cada vez que recibes intereses el banco te retiene para pagarle a hacienda. Con los fondos, como la ganancia no se materializa hasta que vendes el fondo puedes esperar al momento que mejor te convenga. Al final pagarás lo mismo pero siempre es mejor pagar más tarde.
Además si con un fondo ganas dinero, pero con el siguiente pierde, tui solo pagaras por la ganancia total. En tu ejemplo seria lago así, pones 30.000e al cabo de un año cuando el valor es de 35.000e lo pasas a otro fondo. Cuando te fijas el fondo va mal y hay 34.000e y decides venderlo y recuperar tu dinero. En este ejemplo solo pagarías por 4.000e.