¿Demasiada comisión?

Te han aplicado un 0,78 % lo que me parece una barbaridad puesto que lo habitual suele rondar los 0,20-0,30 %. No obstante, habría que revisar las tarifas de comisiones de Caja Madrid para comprobar si te han aplicado lo que figura en las mismas o una comisión superior.
Si figura en las mismas, te resultará un tanto difícil conseguir una retrocesión a no ser que seas un buen cliente para el banco. Si no figura, pienso que deberías hablar con tu director y explicarle que te han aplicado una comisión por encima de lo que ellos publican. En caso de que no te la retrocedan, podrías acudir al Servicio de Atención al Cliente de Caja Madrid. Todo dependerá del tiempo que quieras emplear en este tema y lo cabreado que estés.

Gracias por contestar tan pronto, si esta mal empleare el tiempo necesario, puesto que me parece una burrada la comisión.
¿Dónde puedo revisar esas tarifas?

Perdona que le moleste de nuevo, pero que comisión de debería mirar la del bbva o la de caja madrid, por que el cheque es de bbva,
perdona mi ignorancia.

Es normal que te cobren una comisión por ingresar en tu banco un cheque de otra entidad, también te lo habrán bloqueado unos tres días. El motivo es que al ingresar un cheque de otra entidad no se sabe si es bueno hasta pasados unos días y se suele cobrar comisión por si llegara devuelto.
Si tienes la nómina la mayoría de los bancos no te cobran comisión por ingreso de cheques, así que si es tu caso, reclámalo, aunque dependerá de la oficina si te lo develven o no. Pero por pedir no pierdes nada.