¿Hay riesgo de embarazo si durante la relación sexual no hay eyaculación ni penetración?

Si como dices, tu novia ha tenido dos menstruaciones completamente normales y la última de ellas fue el 15 de abril, no hay posibilidad de embarazo.
En cuanto a las pruebas caseras que se consiguen en las farmacias, para que sean efectivas deben pasar por lo menos 12-14 días después de la ovulación (no necesariamente del acto sexual, sino del día en que ella ovuló). Dependiendo de la calidad de la prueba, hay algunas que son más sensibles y podrán detectar un embarazo antes. Pero definitivamente tres días después de la ovulación, es casi seguro que cualquier prueba daría negativo. Lo que hacen este tipo de pruebas es medir la concentración de una hormona que sólo empieza a producirse en gran cantidad una vez que se ha implantado el huevo en la matriz. Es por ello que cuando dichas pruebas dan un diagnóstico positivo, el 98% de las veces es un resultado acertado. No así cuando dan un resultado negativo por lo que ya mencioné.
En cuanto a los "síntomas" que comentas que tuvo tu novia, quizá parezca difícil de creer pero así como hay gente hipocondríaca (personas que imaginan que tienen una enfermedad cuando en realidad no la tienen), también en algunas mujeres se presenta lo que se conoce como pseudociesis que es algo así como un falso embarazo o un embarazo psicológico, y puede manifestarse en diferentes grados aunque por lo general con síntomas muy similares a los de un embarazo real. En el caso de tu novia pudo ser que la misma preocupación o estrés de pensar que estaba embarazada le causaran los síntomas. Por eso es importante que se cuiden adecuadamente para que no tengan que pasar este tipo de sustos, si es que por el momento no están buscando un embarazo.
En cuanto a los cambios físicos en una mujer una vez que inicia su vida sexual, sí, sí se manifiestan algunos y varían en cada mujer. Por lo general algo de lo más notorio es el ensanchamiento de las caderas. Los senos también pueden incrementar su tamaño, no demasiado, pero por lo general sí se nota un incremento, en especial en mujeres de senos pequeños. A fin de cuentas, recuerda que todo lo que tenga que ver con el acentuamiento de los signos físicos de su femineidad está influenciado por las hormonas. Y la actividad sexual lo que hace es que de alguna manera "revoluciona" su organismo. Esto no significa que sus senos y caderas seguirán creciendo indefinidamente, no. No es eso lo que ocurre. Si así fuera, ¿te imaginas cómo estaría una mujer de 35 años que ha sido sexualmente activa? Es sólo que al inicio de la actividad sexual se notan estos cambios de una manera leve.
Procuren cuidarse para que gocen al máximo su sexualidad. No lo dejen sólo a la suerte.
Cualquier otra cosa, aquí estamos. Que estén bien.