Plusvalía sobre inmueble ganancial heredado

Mi padre ha fallecido este año y el ayuntamiento nos ha liquidado la plusvalía de su piso que nos deja en herencia.
Antecedentes: este piso era de mi privativo de mi padre.
Sus padres, osea, mis abuelos lo habían adquirido con carácter ganancial hace unos 40 años. Mi abuelo murió en 1980, con un haber ganancial de 3 pisos. En el año 2001 mi abuela, mi padre y mi tío hacen la liquidación de la sociedad de gananciales y la aceptación y adjudicación de la herencia. Como resultas, a mi abuela por su 50% de gananciales más su parte en la herencia la queda un piso en propiedad más usufructo sobre los otros dos. A mi tío un piso en propiedad, y a mi padre el otro piso en propiedad, pero pagando a mi abuela en dinero la mitad de su valor, pues era más caro que lo que le correspondía en la herencia.
Total, ahora que muere mi padre nos pasa el ayuntamiento la liquidación de la plusvalía por un periodo de 20 años (el máximo legal), pues ellos entienden que mi padre adquirió la totalidad del piso en 1980 a la muerte de mi abuelo.
Nosotros no estamos de acuerdo, pues entendemos que a la muerte de mi abuelo adquiriría la mitad, y luego al hacer la adjudicación de la herencia en 2001 y pagar a mi abuela la mitad de su valor, adquiriría en este momento la otra mitad, por lo que el ayuntamiento nos tendría que calcular la mitad de la plusvalía por un periodo de 20 años y la otra mitad por un periodo de 10 años.
Entonces por favor, ¿nos pueden asesorar sobre si tenemos razón en este tema y en caso afirmativo como podemos hacer las alegaciones al ayuntamiento?

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