Problema aceptación herencia.

Saludos. Mi problema es que mi madre falleció hace poco, era viuda y anteriormente casada con mi padre en un régimen de separación de bienes. Mi madre no dejó testamento, por lo que tramité la declaración de herederos en la cual me nombraba a mi, hijo único, heredero de los bienes, en concreto, un piso a nombre de los dos, que es en el que vivo actualmente.
El problema vino cuando intenté tramitar la aceptación de la herencia, pues el abogado de la notaría, me comunica que la fecha del inmueble es anterior a la de la separación de bienes, por lo que esta es nula; y que tendría que hacer una declaración de herederos de mi padre. La separación de bienes está firmada en el ochenta y ocho y las escrituras del piso en el noventa y cinco, ¿es esto posible?, si es cierto que el contrato de compraventa de la vivienda está firmado a principios del 88, pero, lo que realmente importa son las escrituras, ¿no?.
En el caso que tuviera que hacer la declaración de herederos de mi padre, ¿Tengo un tiempo límite para aceptar la herencia? . No tengo ninguna relación con mi familia de parte paterna, mi padre hace más de 5 años que falleció, y ahora ando un poco perdido.
Gracias por tu respuesta y un saludo