Derechos después de que te cumpla el contrato

Mi pregunta es si puedo reclamar algo a mi jefe una vez que me cumpla el contrato o si tengo que hacerlo antes.
Explico un poco mi situación, mi jefe me ha estado pagando menos de lo que en mi nomina viene estipulado, y ahora, viendo que se acerca el fin de mi contrato, me gustaría saber si tengo que denunciarlo antes de que termine o puedo hacerlo después.
Otra duda que tengo es la siguiente:
¿Los últimos 3 meses me ha pagado 100? Más de lo que venia en nomina (¿llevo un año trabajando) y ahora dice que esos 300? Que me ha dado de más corresponde con lo que me ha dado de menos durante el resto del año. ¿Puede hacer eso? Quiero decir, ¿si yo reclamo mis nominas puede no darme esos 300? ¿Qué me ha dado?, tengo que decir que ese dinero me lo dio por exceso de trabajo y en modo de plus por estrés, pero me los ha ingresado en mi cuenta en concepto de sueldo.
Todo el dinero que he recibido lo he hecho en modo de transferencia bancaria, por lo que puedo demostrar que no me ha pagado lo que venia en nómina, pero ahora me asusta que también me quite el dinero que me dio como extra, además también quiere meter como "sueldo" unos sobres con dinero que me dio como gratificación (esto se que no puede hacerlo porque no aparece en ningún sitio que me los haya pagado)
Y bueno, y después de tantos rodeos. Estas son mis preguntas:
¿Tengo qué ir al sindicato del trabajador antes de que finalice el contrato o puedo después?
¿Se puede incluir en una nomina anterior el importe de más pagado en otra nómina más reciente?