¿Puede mi empresa realizar una variación de jornada en lugar de pagar horas extras?

Hola!

Mi duda es la siguiente. En mi empresa, cuando un trabajador trabaja de más (por cubrir bajas, o vacaciones, o cualquier motivo), en lugar de darle esas horas como lo que son, horas extras, se le realiza un cambio de jornada en su contrato laboral (por lo que se cobra menos por hora, te sube el IRPF y al final cobras menos sueldo neto).

¿Es legal dicho cambio de jornada?

Muchas gracias!!!