La verdad es que yo de este tema no tengo mucha idea, pero de lo que estoy seguro es de que la empresa tiene la obligación legal de retener en tu nómina el porcentaje que indica la tabla de IRPF (como mínimo), también habrá que tener en cuenta que en determinado tipo de contratos, como los contratos temporales siempre es un 2%. Pero lo tiene que hacer obligatoriamente, además tu puedes solicitar por escrito que te retengan más que ese mínimo, y también lo deberían hacer. Yo que tú llamaría primero a la Hacienda de tu comunidad y preguntaría allí como actuar en tu caso, y si no la otra alternativa es entregar una carta en la empresa de cómo deseas que se te aplique la mínima retención exigida por ley según tu salario y que se queden ellos con una copia y tú otra con un sello y fecha de como lo has entregado en la empresa. De todas formas aquí te dejo un enlace con mas información y otro para que puedas hacer tu mismo el calculo de lo que te tienen que retener, siento no pode ayudarte algo mas.. Un saludo
http://www.aeat.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/_Segmentos_/Ciudadanos/Retenciones_a_cuenta_del_IRPF/Retenciones_a_cuenta_del_IRPF.shtml
http://www.ciberconta.unizar.es/lección/der004/400.HTM