Defectos obra rehabilitación

He realizado una obra de adecuación de la buhardilla de mi unifamiliar. Al terminar, todavía sin emitir certificado final de obra, he detectado problemas de insonorización que han sido contrastados por el constructor mediante medición acústica. Dice que ha sido error de proyecto del Arquitecto. Mantuve una reunión y tras amenazarme con denunciarme al ayuntamiento por vivir sin licencia, los arquitectos superior y técnico me dijeron que son cosas que pasan y que yo tengo que hacer frente. ¿Puede pasarme algo frente al ayuntamiento? ¿Debo firmar el certificado final de obra? ¿Debo comunicarles la existencia de este problema por escrito? Preferiría evitar los Tribunales, la denuncia en la OCU, ¿puede ser alernativa? Gracias.