Exención por reinversión vivienda habitual

Hola, en el noviembre de 2006 vendí mi vivienda habitual y compre 15 días más tarde otra. Pero el realizar la declaración de la renta del 2006, no sé que hice que no gravé ningún dato al respecto, ni fechas de compra y venta, ni importes ni por supuesto la casilla de reinversión, todo les llego en blanco. Hacienda me escribo comunicándome que sabían que había vendido y que les llevará la documentación de compra y venta de esa casa. Así lo hice, además les lleve las escrituras de compra de la nueva vivienda y los gastos, para marcasen la casilla de reinverión. Pero me dicen que no puedo deducirme la compra de la nueva vivienda, porque a ellos no les consta y yo no la metí en su día, ademas de negarme el poder marcar la casilla de reinversión, acogiéndose a que como no la marque en la renta ya no lo puedo hacer. Por lo que me dicen que en vez de devolverme 1200 euros, ¿les tengo que pagar 1700?.
¿Puedo hacer algo al respecto o tengo que pagarles? Gracias