IVA aplicación de la regla de prorrata

Hola:
Soy traductora autónoma y trabajo con empresas en España y en Alemania. Para las empresas en España hago la factura con el IVA e IRPF correspondiente, menos a una, que es una Universidad y sólo factura con el IRPF sin IVA. En las facturas intracomunitarias, principalmente para Alemania, ni pongo IVA ni IRPF. Ahora bien: en el resumen anual 2007 del IVA, modelo 390, puse mis ingresos de las facturas sin IVA en la casilla 105 Operaciones exentas sin derecho a devolución. No sé ni porqué lo puse ahí. Ahora me escribe hacienda que tengo que aplicar la regla de prorrota con un porcentaje de 22%. Por fin, me piden un pago de IVA. ¿Esos es correcto o es que me equivoqué a incluir mis facturas sin IVA en el resumen anual del IVA? Los incluye también en la declaración de IRPF anual como ingresos. ¿Realmente tengo que pagar ese IVA de prorrata?
Muchas gracias por su ayuda
Kati

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