Aunque hayas dado beneficios durante el ejercicio 2012 hasta que no presentes el impuesto de sociedades no tienes que hacer el pago fraccionado, ya que el importe del mismo se calcula sobre el ultimo IS presentado. Te dejo una consulta de la AEAT en este sentido.
124788-base de cálculo: modalidad general
Pregunta
Con carácter general, ¿cuál es la base para calcular el pago fraccionado?
Respuesta
En general, la base para calcular el pago fraccionado será la cuota íntegra del último período impositivo cuyo plazo reglamentario de declaración estuviese vencido el primer día de los meses de abril, octubre y diciembre, minorada en las deducciones, bonificaciones, retenciones e ingresos a cuenta correspondientes a aquél.
Cuando el último período impositivo concluido sea de duración inferior al año se tomará también en cuenta la parte proporcional de la cuota de períodos impositivos anteriores, hasta completar un período de 12 meses.
Normativa/Doctrina
Artículo 45 .2 TRLIS Real Decreto Legislativo 4 / 2004, de 05 de marzo de 2004 .
Consulta de la D.G.T. 0022 - 05, de 28 de enero de 2005
En julio tienes que presentar el impuestos sobre sociedades del año 2012 y en octubre ya harás el primer pago a cuenta del año 2013.
Espero haber aclarado tus dudas.
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