¿Qué impuestos se pagan al inicio de un negocio?

Lo primero que tienes que pagar y tramitar es la licencia de apretura en el Ayuntamiento de la localidad, y probablemente necesites de un ingeniero que te prepare un proyecto para obtener dicha licencia. Lo siguiente tienes que aclarar con el vendedor si para la compra pagarás IVA (que te podrás deducir) o por contra pagaras Impuesto de Transmisiones Patrimoniales (si se paga en tu Comunidad Autónoma).
Para conocer los otros impuestos que pagaras en el transcurso de la actividad seria necesario conocer la actividad para saber a que Régimen de IVA tendrías que tributar porque si vendes al por menor probablemente tendrías que tributar por el Régimen Especial del Recargo de Equivalencia.
De todas maneras si eres empresario individual estarías obligado a Presentar la Declaración de la Renta y pagar los llamados pagos a cuenta de la renta trimestrales, que pueden ser el modelo 130 o el 131 dependiendo de si estas en Estimación Directa ( Ingresos - Gastos = Beneficio que se declara, Modelo 130 ) o Estimación Objetiva (Los famosos Módulos, modelo 131), Esta última varia mucho en función de la actividad que vayas a realizar.
Mejor dime la actividad que vas a realizar y te podré concretar mejor que te puede salir más a cuenta.

Sólo por abrir un negocio el único impuesto que se paga es la Licencia de apertura municipal. Si además es necesario hacer reformas para adecuar el local habría que añadir la Licencia de obras.
Estos impuestos son sólo por la apertura pero al abrir un negocio te obligarás también a:
- Mensualmente pagar la cuota de autónomos
- Trimestralmente a liquidar el IVA, si corresponde
- Anualmente a liquidar el Impuesto sobre los beneficios, ya sea IRPF o IS