Incremento base liquidable por donación

En Julio de 2001 a mi entonces novia le donaron sus padres una finca de la cual yo le compré poco después mediante notario el 30% del terreno.
En Agosto de 2009 mi esposa (gananciales) me donó el 20% para que así tuviéramos cada uno el 50% de la finca. Todo esto se hizo ante notario, se fue al registro y a hacienda (impuesto sobre sucesiones).
Al hacer la declaración de la RENTA (la hacemos conjunta) en la columna de mi esposa aparece en el apartado Transmisión Vivienda Habitual una cantidad de dinero que corresponde a la diferencia de lo que valía ese 20% en el año 2001 y de lo que vale en este momento, a lo que le llaman incremento procedente de transmisiones.
El caso es que ese dinero se lo suman a su base liquidable y le genera una cuota integra mucho mayor con lo que el resultado nos es muy desfavorable.
Mi pregunta es: Si en una sociedad conyugal (matrimonio) no ha habido un incremento de patrimonio, porqué en una declaración de renta conjunta tenemos que pagar por algo que ya teníamos antes.
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Muchas gracias.

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