Gastos e ingresos con iva o sin iva en el autónomo

Soy autónomo desde julio del 2010 y hago las declaraciones trimestralmente modelos 130 y 303. Cuándo hago la declaración del modelo 130, tanto a los ingresos como a los gastos les quito primero el iva, y después obtengo el rendimiento neto con la diferencia de ambos (ingresos menos gastos, descontando la parte correspondiente de iva) y pago el correspondiente 20%. Después con el iva que ingreso con lo que yo facturo le resto el iva que pago en los gastos o facturas que necesito para mi trabajo, y esta diferencia la ingreso a hacienda, modelo 303. ¿Lo estoy haciendo mal? ¿Cuándo hallo el rendimiento neto tanto ingresos como gastos deben ir con su iva, es decir el total de las facturas? ¿Si está mal hecho a que me arriesgo de cara a hacienda?