Venta de casa, IRPF al 50% o solo por lo que se recibe?

Saludos compañeros. Una duda.
Mis padres han vendido una casa que tenían en común, al 50% cada uno, por digamos 250.000 euros. Como se llevan muy bien, en el contrato de compra-venta se recoge que mi padre recibe 50.000 euros y mi madre el resto, 200.000 euros.
Mi madre no tiene que pagar impuestos de ese dinero pues lo va a reinvertir en una nueva casa, vivienda habitual, a su nombre solamente (han hecho separación de bienes justo tras la venta).
Mi padre creo que SI ha de pagar al año siguiente en la declaración por el dinero recibido pues, aunque es mayor de 65 años (mi madre también) la casa vendida no era su vivienda habitual, pues él vivía con otra mujer en otra casa y hacienda lo sabe.
La pregunta es, mi padre ha de declarar que ha recibido esos 50.000 o, al estar la vivienda a su nombre por un 50%, ha de declarar por 125.000 euros a pesar de solo recibir 50.000?
Mi padre ha fallecido hace nada y, tendré que encargarme yo como heredero de esa declaración, por eso la pregunta.
Gracias mil!