Venta de inmueble hipotecado afecto a mi actividad profesional

Buenas tardes, Mi pregunta es la siguiente: Tengo una hipoteca que grava dos inmuebles, uno de ellos lo afecté en marzo de 2010 a mi actividad profesional para poder desgravarme por lo menos los intereses y deducir la amortización, pero ahora tengo que venderlo y no sé si me conviene desafectarlo antes de venderlo o esperar si lo vendo antes de 2013 ya que según creo no sería efectiva la afectación si no pasan 3 años.

Tampoco sé cual sería el valor del inmueble si lo desafecto? Sería el valor de afectación o el valor real de adquisición en 2005?

Por otra parte, por circunstancias, tengo el doble de hipoteca sobre esta vivienda del valor de afectación, ¿si lo vendo por el valor de la hipoteca también tengo que pagar por la ganancia patrimonial o como va para hipoteca estaría exento?

Muchas gracias de antemano