¿Estimación directa o módulos?

somos una SL formada por 2 socios-administradores dados de alta como autónomos y trabajadores de la misma -no tenemos empleados-. Hemos estado pagando el impuesto de sociedades y nosotros, que cobrábamos una nómina, pagábamos el IRPF. Pero resulta que hemos cerrado y al entregar la documentación para solicitar la prestación por cese de actividad nos dicen que teníamos que haber estado en módulos o en estimación directa, es así?

un saludo. Gracias