Cuanto tiempo tienen para devolverme las facturas

Buenos días

Agradezco de antemano vuestra ayuda.

Hace ya unos meses en HAcienda me solicitaron que les aportara toda la contabilidad del 2012, es decir, facturas de compras y facturas de ventas con sus correspondientes albaranes, claro está que se las aporté dejando en poder de la administración toda la documentación original, ya que hacer fotocopias de todo ello es un dineral (son muchas facturas y albaranes) esto era para hacer una comprobaciones de rectificación del IRPF.

Luego me llegó una carta indicándome que me rechazaban la solicitud de rectificación del IRPF (esta rectificación la solicité yo) por no presentar pruebas y la solicitud que me hicieron de aportar la contabilidad en teoría era para el mismo motivo.

Pues bien, les respondo indicando que obra en su poder dichos documentos desde hace varios meses, mi pregunta es ¿cuanto tiempo pueden tener retenida mi contabilidad en Hacienda? ¿es que cada uno de los funcionarios va por libre y no cotejan la presentación de documentación? ¿habrán perdido la documentación aportada? En este último caso ¿que podría pasar?

P.D. Para mayor información soy autónomo en módulos

Mil gracias por vuestras respuestas