Como contabilizo la nomina del jefe(autónomo)?

estoy en una empresa en práctica y el jefe esta dado de alta en el régimen general de trabajadores autónomos y quería saber como contabilizar su salario ya que hace transferencias desde la cuenta del banco y no tiene nomina (como justifico estos gastos), el paga la cuota de ss de trabajadores autónomos pero tengo que pagar algo mas o retener algo, muchas gracias de antemano