¿Es correcta la retención que me aplican en la nómina?

Hola, quería saber si la retención que me ha aplicado mi empresa durante el 2013 es correcta, ya que teniendo hipoteca con derecho a deducción, la declaración de la renta me sale a pagar casi 100 euros. Los datos serían los siguientes:

Salario neto pactado: 1825,00 mensual
Total satisfecho 2013: 30.477,39
Retenciones practicadas: 4.266,84
Gastos deducibles: 1.926,96.
Vivienda con hipoteca comprada en el año 2005.

Me retienen un 14% porque tienen marcada la casilla "El perceptor ha comunicado que efectúa pagos por préstamos para la adquisición o rehabilitación de su vivienda habitual con derecho a deducción en el IRPF y que sus retribuciones íntegras totales son inferiores a 33.007,2 euros anuales". Sin esa casilla me tocaría un 16%.

Yo entiendo que al marcar esa casilla me baja un 2% que le beneficia a la empresa pero me perjudica a mi ya que al tener un salario neto pactado no me repercute lo que me retienen de menos, ya que sigo cobrando lo mismo y después en la declaración de la renta me devuelven menos (este año me sale a pagar).

Más que saber si es correcta la retención, quería saber si la empresa está actuando correctamente.

Muchas gracias.