Dudas con mi nomina.

Sin ver las nóminas no es fácil darte una opinión rotunda, pero por lo que dices, no me cuadra nada.
En primer lugar, cada año tendrían que haberte subido lo que indica el convenio, que como mínimo, sería el IPC. Segundo, si te bajan el IRPF, el sobrante debería de haber ido al líquido que cobras, no te lo pueden sustraer, eso es totalmente ilegal.
Ahora bien, si pactaste un sueldo fijo y ha sido una equivocación durante un tiempo, moralmente no deberías exigir nada, puesto que tu pactaste un sueldo y un error lo puede tener cualquiera, aunque legalmente te asista la razón. Mi opinión es que los acuerdos están para cumplirlos ambas partes, para lo bueno y para lo malo. Una excepción, si ya te pagaban eso hace tres años y lo han corregido ahora, en mi opinión sí que te asiste toda la razón; sería diferente el caso de que hubieses pactado ese sueldo hace unos meses y ahora advirtieren el error, pero si ya hacía años que estabas en una determinada situación, moralmente y legalmente te asiste a ti la razón.
Lo de pagarte 50 euros en la nómina por gastos escolares no lo había oído nunca. Puede ser un acuerdo en el Convenio colectivo de tu provincia, pero en la mía eso no rige. Tendrías que hacerte con una copia del último convenio y revisar si tienes derecho a esa percepción.
El IRPF no lo aplica la empresa a su discreción, se calcula por unas tablas rígidas y sin tapujos que elabora el ministerio de Hacienda y son de obligado cumplimiento. Me extrañaría mucho que se hayan equivocado con eso, porque se ganarán una inspección de narices que les obligará a regularizarlo de inmediato. No obstante, en la página del ministerio de hacienda está la tabla. La puedes consultar pero tienes que calcular tus ingresos brutos (no netos) al año. Allí verás la corresondencia y dada tu situación de soltera, te dará el porcentaje fijo e inamovible a aplicarte. NO Te lo puedo calcular yo sin saber cuanto ganas en bruto al año y además, si tienes en nómina ingresos por dietas, éstos estarían exentos, por lo que los debes de eliminar para el cómputo.
Del certificado de ingresos y retenciones del año pasado puedes cogerlo como base para calcularte el porcentaje de retención, pero ahora bien, si te han bajado la base de cotización, entonces también te bajará el IRPF, con lo cual, el porcentaje podría ser correcto, pero lo que es incorrecto es que te disminuyan tu base, eso no se puede hacer y es un caso ganado.