Si, puedes ser madre a pesar de estar en tratamiento para tu tiroides, lo importante es que estés en el tratamiento adecuado. Por ejemplo tu TSH debe estar en 2.0 o menos.
Cuando quedes en embarazo tu endocrino deberá subir la dosis de acuerdo a como vayas necesitando, pero te recomiendo buscar un endocrino tiroidologo o experto en tiroides, no todos lo son, la mayoría conocen mas de diabetes.
También hay otro punto muy importante que la mayoría de endocrinos en medicina convencional pasan por alto y son los anticuerpos anti-tiroideos, estos están presentes en un 85% o mas de casos de hipotiroidismo diagnosticado, y estos anticuerpos también son causa de infertilidad y riesgos para el embarazo.
Para mas información en el tema te recomiendo ver: Problemas de Tiroides, infertilidad y embarazo