Tengo dolor estomacal desde hace casi una semana y no se me quita con el pantoprazol

Me diagnosticaron colitis nerviosa con reflujo y me controlo con los medicamentos que me recetan, pero ya tengo desde diciembre pasado que tomo levotiroxina para bocio multinodular que mi estomago no descansa, todo me inflama y siento una molestia constante en el pecho. El médico me dice que es por el reflujo, que broncoaspiro etc. En fin, últimamente fui nuevamente con el médico porque aunque no me sentía mal, traía adolorido todo el lado derecho hasta la espalda y pensé que era por el ejercicio que había hecho algún movimiento mal, pero me dijo que traía el intestino muy inflamado que ya no me cabía en la caja torácica, me receto claxinato de lisina compuesta, sinosidos a y b, y prozac, solo por 7 días. Se me quito el dolor derecho pero seguía inflamada, así que me cambio a trimebutina y otro tranquilizante, que para serle sincera no me tome pues no me gusta depender de las pastillas (que ya tomo demasiadas por cierto) Le comente a mi médico familiar y me dijo que mejor tomara el pantoprazol y me sentí bien, pero abuse comiendo galletas de chocolate y ahora traigo dolor estomacal e inflamación. ¿Mi pregunta es si debo tomar el pantoprazol en la noche o cambiar el medicamento y por qué unas galletas de chocolate me provocaron este problema si ya me sentía bien?