Imporante

En primer lugar vamos a comentar el tema de la píldora. Una vez que completas la primera caja de píldoras (la que empiezas a tomar el primer día de la regla) ya puedes dejar de preocuparte por el embarazo (siempre y cuando no te hayas saltado pastillas, tomado medicación sin que tu médico sepa que tomas anticonceptivos o sin estar recetada por el, etc.), con lo cuál no tendrías por qué haber tomado la píldora del día después (ni siquiera tendrías por qué haber utilizado preservativo si es pareja estable y sabes que no padece enfermedades de transmisión sexual). Si se cumplen estos requisitos no creo que estés embarazada, aunque ahora tendrás que empezar a tomar la píldora desde 0.
Con respecto al flujo podría tratarse de una candidiasis vaginal, que se da con frecuencia y tiene tratamiento (aunque tu pareja debería tratarse también) normalmente con una crema y una pastilla que se introduce en la vagina. Debes acudir a tu ginecólogo para que te diagnostique (hay otras posibles causas de ese flujo y sin verte no puedo darte más información) y te ponga el tratamiento aunque, por frecuencia, lo normal es que sea por ese motivo.
No olvides, de todas formas, que ahora tienes que pasar un mes entero teniendo otras protecciones al empezar a tomar la píldora otra vez.