Antibiotico y ovulacion?

Tengo una infección vaginal (gardnerella) y cistitis, ayer visite a la ginecóloga y me ha recetado un antibiótico y unas pastillas para la cistitis, que casi ya se me ha quitado, el hecho es que este es mi segundo mes de búsqueda y estoy en mitad de ciclo, mi ultima regla fue el 18 de abril, así que me dijo que por si acaso estuviera embarazada no lo tomara hasta que me baje el periodo.
El caso es que anoche me hice un test de ovulación y me ha dado positivo, osea que no he ovulado todavía o estoy en proceso de ovular. Mi pregunta es si empiezo a tomar ahora el antibiótico que son 3 días (mi marido también)impide el que me pueda quedar embarazada o pueda tener algún problema por tomarlo. No se que hacer, si ponerme manos a la obra haciendo caso al test de ovulación sin tomar medicamento, ¿o tomarlo y hacerlo igualmente?