Tengo retraso y un flujo café

Hace 5 días debió de bajarme mi regla y en lugar de eso tengo un flujo cafe; el primer día que me debió de bajar me bajo e flujo café solo fue una mancha y se quito, al tercer día tuve otra mancha café pero esta vez con una manchita de sangre y también se quito, estoy en el 5 día y regreso la mancha café, tengo un poco de molestia en la parte pélvica y me duele la espalda y los pies incluso los pies se me están hinchando continuamente; estuve tomando pastillas anticonceptivas (yasmin), pero el mes pasado me tuvieron que hacer un ultrasonido y me dijeron que estaba ovulando que si no utilizaba un método de barrera cabía la posibilidad que me embarace, ¿puedo embarazarme aun tomando las pastillas anticonceptivas? Hace 15 días fui con el gineco y me dijo que tenia pondilomas, me duele tener relaciones con mi marido, no se que es lo que me esta pasando si alguien me puede ayudar u orientar se lo agradeceré mucho, me preocupa mucho el flujo color café.