Procedimientos a seguir

Era para ver si me podía orientar pues estoy echo un lío y ya no quiero dar más pasos en falso por desconocimiento.
En 1992 (tenía 20 años y ahora haré 38) sufrí una operación de ligamentos en la rodilla derecha, me operé y quedé bien. Me hice autónomo transportista en 1997, y he podido desempeñar mi trabajo hasta el pasado febrero sin ninguna recaída y sin haber cogido ninguna baja por ningún motivo nunca (los 5 años previos tampoco).
El pasado 18 de febrero del presente año, sufrí una caída trabajando: desde el vehículo en una operación de carga y descarga y me volví a romper el ligamento (según resonancia magnética), con lo cual desde entonces estoy de baja. Cabe decir que intenté seguir trabajando los días sucesivos al accidente, pero tuve que parar, me ha resultado imposible y el día 24 del mismo mes tuve que coger la baja (que a día de hoy sigue, esperando la más que segura intervención quirúrgica).
La cuestión es que al ser autónomo antes tenía las bajas por ASEPEYO, pero parece ser que la ley cambió a finales del año pasado; me enteré por la propia mutua antes citada, ya que ésta me rechazó y me mando a la Seguridad Social (a través del INS), y mi doctora me dio la baja.
Tengo contratada una mutua para salud familiar, a través de la cual pretendo agilizar los trámites para estar parado lo menos posible. A parte, tengo dos pólizas contratadas con MAPFRE, una para indemnización por día de baja y otra póliza de accidentes individuales.
La doctora cuando me dio la baja, puso en ella enfermedad común. Para no discrepar y decir cosas diferentes, a Mapfre le remití su parte interno rellenando todos los datos pero poniendo lo mismo en la causa, que era enfermedad común, pero a los diferentes visitadores médicos que han venido a mi casa por parte de dicha compañía, les expliqué como había pasado todo, les he facilitado copia de todas las pruebas, informes... Y no me dijeron nada de que lo hubiese hecho mal; es más, les reclamé que me citasen sus servicios médicos para incluso tener una segunda opinión, y a día de hoy no me han llamado (uno de los visitadores ya ni me contesta llamadas, sms ni emails)
La cuestión es que ahora Mapfre se escuda en que no es accidente laboral, que se lo puse en el parte suyo que les envié, y no me cubre lo que debiera y tengo contratado (gastos médicos, protección de pagos de mis recibos con ellos..)
He ido a mi doctora y me dice que esa causa (enfermedad común) sale por defecto y que ha consultado con el INS y no me la puede cambiar a la causa real (que ella admite)
¿Qué puedo hacer para que me cambien la causa de la baja y Mapfre se haga cargo de sus responsabilidades? ¿Mi mutua por ejemplo no se hace cargo del posible implante que asciende a 1.500?, más sesiones de rehabilitación que estoy haciendo por mi cuenta para minimizar la posible intervención quirúrgica...