¿Quién paga a un autónomo en caso de baja, la mutua o la Seguridad Social?

Influye en que modulo de cotización estas inscrito a la hora de las percepciones monetarias satisfechas por (Mutua o Seguridad Social) en la baja?? Están obligadas las mutuas a pasar una parte del dinero que percibe del trabajador a la Seguridad Social, para que luego esta sea la que pague la parte proporcional al autónomo que se encuentre de baja?? A partir de que día percibe un autónomo la compensación monetaria por baja?? Las cuantías influyen según dicho modulo de cotización?? Es que yo creo que todo influye.....