Nacimiento en España

Sí, por supuesto. El niño será español por nacimiento. Las leyes protegen a los menores. El niño tendrá derecho a ser protegido por las leyes españolas. Una vez que se tenga al niño, se le registra como a cualquier nacido en España y presentando el comprobante emitido por la clínica u hospital.
Más tarde se le puede registrar en la Embajada de Bolivia, si es que así se desea y presentando el acá de nacimiento española, para efectos de su doble nacionalidad.
En el caso de Marruecos, también se podría, pero se requiere que si el padre no quiere reconocerlo ante la representación de Marruecos, primero se inciara un juicio de paternidad, sin embargo, se antoja un poco complicado considerando el status migratorio de ella, sin embargo, es factible si ella así lo quisiera.
Pero puede registrarlo provisionalmente en España.

Perdone mi insistencia.
Tengo entendido de que si lo registran en el consulado boliviano o marroquí no tendría derecho a la nacionalidad española ¿es esto cierto?
Otra pregunta.
En los registros civiles españoles algunas veces tratan de engañar a los inmigrantes para impedirles inscribir a sus hijos en ellos. Yo soy español. ¿Podría yo ir a inscribir a mi futuro sobrino al registro?
Muchas gracias

No, no es cierto. Exite un principio universal (o mundial, si se prefiere ese término) que se llama 'ius soli' y se refiere al derecho a la nacionalidad del país en donde se nace. Es un derecho intrínseco de las personas y es irrenunciable. Es reconocido mundialmente así.
En el caso del registro civil, puede usted acompañarlos. Hacer el trámite usted solo no lo recomiendo porque harán preguntas y pondrán trabas, pero puede acompañarlos para verificar que todo sea respetado conforme a la ley.

Estuve mirando lo que usted me dijo y me encontré con esto:
No son españoles entre otras nacionalidades los hijo de Ecuatorianos, Bolivianos, Chilenos ya que recientemente se ha reformado la legislación de estos países reconociendo la nacionalidad.
Los hijos de los inmigrantes bolivianos ya no pueden obtener la nacionalidad española de origen, que se reconoce por el mero hecho de nacer en el país, según una circular de la Dirección General de los Registros y del Notariado en la que se especifica que "no se resolverán favorablemente" los expedientes incoados para este fin, al igual que ocurrió a principios de año con los hijos de ecuatorianos y chilenos.
El razonamiento de la Dirección General es el mismo que entonces: se ha producido un cambio legislativo en Bolivia por el que el país reconoce como nacionales a los hijos de sus ciudadanos, independientemente del lugar donde hayan nacido y sin necesidad de desplazarse al país o a una sede consular para inscribirse en registro alguno.
Lamento molestarle tanto, pero es que me preocupa el futuro de mi sobrino
Muchas gracias

En efecto, existe una circular, lo que sucede es que es solamente eso: Una circular, no una ley.
Si esto no está plasmado en una ley, puede solicitarse la apelación, revisión o reconsideración del caso, ya que siempre estará una ley por encima de una circular.
Como la gente que trata estos casos es de ventanilla y sólo obedece órdenes, además de desconocer la ley, es probable que no quieran ayudar, sin embargo, cuando esto sucede, es necesario acudí a juicio para que se respeten los derechos, ya que es violatorio de las leyes federales y de los tratados internacionales, además de violación a derechos humanos.
En efecto, Bolivia reconoce a sus ciudadanos nazcan donde nazcan, pero eso ocurre por el principio 'ius sanguini' y que era un error no reconocer. Una persona es nacional de un país por el simple hecho de nacer o por ser hijo de nacionales del mencionado país.
Es erróneo pensar que no sería posible que tuvieran ambas nacionalidades. Probablemente están poniendo trabas debido a que mucha gente comienza a abusar de los beneficios y quieren tener a sus hijos en España como medio de protección y obtención de beneficios, lo que ha desencadenado abusos y gastos para el gobierno, pero en realidad, puede combatirse por medio de un juicio en caso de que se negaran a realizar el registro. Se admite la doble nacionalidad, si se pelea ese derecho.