¿Qué método me recomiendas que sea efectivo para actualizar los registros de mi base de datos?

No te recomiendo duplicar la información
Mejor ten una tabla de productos con campo stock actual y ahí agregas o restas la cantidad por cada entrada o salida
también se puede hacer en vivo sin el campo, sumando y restando cada vez que lo nedcesites(no es lo ideal)
Puedes juntar para siempre las tablas de entrada y salida con un campo que la identifique como entrada o salida o tal vez con la cantidad entrada (cantidad positiva) o salida (cantidad negativa)
También puedes hacer una consulta de union usa el comando union del sql y obtendrás una sola tabla de dos, pero los campos deben er parecidos y las cantidades con más o menos según el casado
como ves hay muchas formas menos la de duplicar
cada una tiene unas ventajas y unos inconvenientes elige lo que quieres y te ayudo
Si se puedes envíamelo en formato 2003

Hola muchas gracias por responder tan pronto, lo que pasa es que lo que necesito hacer es como tengo varios almacenes y procesos necesito ir actualizando la información para saber por ejemplo un producto en que parte del proceso está. Es decir al entrar a planta entra a un almacén llamado cuarentena, ahí se le hacen análisis de laboratorio si pasa se va a un almacén general, de lo contrario se va a almacén de rechazo, luego se devuelve al proveedor o del almacén general se pasa a producción después de proceso se va a producto terminado, entonces en sí lo que necesito hacer es un reporte que me vaya dando conforme pasa el material de un lado a otro me diga exactamente donde está es por eso que pensé en duplicar la información y hacer una tabla para poder producir el informe de actalización que me vaya diciendo dónde está el producto al día y su historial, intenté hacerlo con una consulta uniendo las tablas pero no resulta de esta manera, realmente te agradezco muchísimo tu ayuda, la base de datos si puedo mandarla pero la verdad tiene como mil tablas, jejejeje y si está algo complicada de entender pero te la estaré mandando, mientras no se si pudieras ayudarme con este detalle, gracias!.

Lo mejor para esto es que en unsolo registrolleves el estado donde esta, indicaría el lote y producto y en que fecha entro en este estado (almacen)
Si necesitas mucho histórico, puedes poner varias fechas de entrada en los diferentes sitios
para un control total, ¿esta bien como lo haces por transacciones de entrada y salida pero en algún lado debes llevar donde esta ahora y no puede ser en productos porque este producto se reintroduce o sea que es de un determinado lote y puede haber otro más de otro lote y del mismo producto
no se si te parece crear lotes para hacerles el seguimiento?

Si de hecho es lo que hice le puse número de lote a cada material cuando entra a planta, el problema es a la hora de relacionar las tablas por ejemplo tengo una tabla de almacén cuarentena donde tiene información como fecha de entrada, fecha de salida, etc, y luego por ejemplo otra de almacén general donde tiene los mismos datos todo con un control del mismo número de lote, el problema es que si quiero por ejemplo relacionar estas dos tablas no me muestra la información pues por ejemplo el lote 1 está dado de alta en la tabla almacén cuarentena pero no en tabla almacén general pues aún no ha entrado ahí entonces si quiero relacionar las dos tablas me da como que no hay relación, entonces lo que pensé fue crear una tabla donde conjuntara toda la información de cada tabla y actualizar los datos para no tener problemas con las relaciones pero no se como hacerle para que vaya actualizando los datos por lote sin que los repita solo agregue la información adicional de donde está el material, muchísimas gracias de nuevo realmente me estás ayudando muchísimo con tus prontas respuestas.
Slds.

Hola espero estés muy bien el día de ayer te mandé la base de datos, espero hayas podido darle un vistazo está algo grande y no se que tan difícil sea entenderla, espero puedas ayudarme con esto pues si ya he invertido bastante tiempo, jejejeje, muchas gracias por tu ayuda.