Siento decirte que no puedo contestar claramente a tu pregunta ya que no he usado el runtime de Access. En aplicaciones multiusuario o bien los usuarios han tenido licencia local de Access, o se han conectado a un escritorio remoto con licencia.
Te hago simplemente algunos comentarios por si te sirven.
La configuración habitual de una aplicación multiusuario es un archivo con todas las tablas y relaciones entre ellas, y otro que contenga el resto de objetos (formularios, informes, módulos...) junto a los vínculos a las tablas del otro archivo. Si se controlan bien los bloqueos de registros esta configuración no da problemas y permite a varios usuarios trabajar con los mismos datos aunque cada uno de ellos pueda tener la aplicación en sus equipos locales. En un escritorio remoto basta con un único archivo de aplicación ya que en el fondo cada usuario tiene una sesión en el escritorio y una instancia de Access distinta.
Los vínculos a las tablas se pueden restaurar manualmente o de un modo semiautomático cuando el archivo de datos se mueva a una localización diferente.
Te copio ahora parte de la ayuda que acabo de consultar en la web de Microsoft, y al final añado un vinculo a esta página (es sobre la versión 2007, pero existe para otras versiones). Como verás básicamente indica que crees un paquete únicamente con el archivo de aplicación, y que alojes los datos en donde quieras. Si todos los usuarios tienen un mismo mapeo de red hacia la unidad en la que está el archivo de datos y tu archivo de aplicación está apuntando en sus vínculos a las tablas a ese mapeo, debe de funcionar sin problemas. Si cada usuario mantiene un mapeo diferente a la unidad en la que están los datos, deberás de revincularla, o bien establecer ese mapeo en un equipo que ténga Access, generar el archivo de aplicación con ese mapeo y copiarlo al equipo que corresponda.
A priori no debiera de haber problemas en usar el runtime si la aplicación mantiene los vínculos a los datos con el mapeo que tenga cada usuario en su equipo, y no es laborioso hacer copias de un mismo archivo de aplicación en los que únicamente cambias el mapeo de la unidad en la que alojas el archivo con las tablas.
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Empaquetar una base de datos dividida
El Asistente para la solución de paquetes de las Extensiones para programadores de Access 2007 no incluye varias rutas de instalación. Si su aplicación tiene datos y componentes lógicos independientes, y utiliza las Extensiones para programadores de Access 2007 para empaquetar su aplicación, quizá desee instalar manualmente sus archivos de datos de Access 2007 en la ubicación correcta, como un servidor de archivos.
Una aplicación que tiene datos y componentes lógicos independientes, utiliza tablas vinculadas para conectar los dos componentes. Dado que cada red es diferente, puede no resultar práctico especificar la ruta de instalación de ambos componentes. En la mayoría de los casos, si utiliza el Asistente para la solución de paquetes, utilizará el asistente sólo para empaquetar el componente lógico.
Si tiene suficiente información acerca de las rutas de instalación de los dos componentes, quizá desee crear dos paquetes de instalación utilizando el Asistente para la solución de paquetes, de manera que pueda especificar la ruta de instalación para cada componente.
http://office.microsoft.com/es-es/access-help/implementar-una-aplicacion-de-access-2007-HA010218864.aspx=====
Espero que esto te ayude en algo. Si deseas algo más házmelo saber o formula una nueva pregunta en la web.
Cordiales saludos.