No entiendo si lo que quieres es borrar los registros duplicados una vez ya tienes cargados los nuevos registros, o que borre los datos de la otra tabla, cuando se cargan en la nueva.
Yo lo que haría, sería borrar la tabla donde se van a cargar los nuevos registros antes de cargarlos y después, cargarlos.-
La instrucción que tendrías que ejecutar, sería:
DoCmd.RunSQL "Delete * From [Tabla Destino]]"
Y justo a continuación, ejecutar la instrucción de cargar todos los registros desde la otra tabla:
DoCmd.RunSQL "Insert into [Tabla Destino] Select * from [Tabla Origen]
Con estas dos sentencias, ya tendrías el problema resuelto... La primera, borra todo lo que haya en la tabla antes de agregar los registros... la segunda, agrega los registros.
Crea un botón especial para eso y pones esas dos sentencias dentro del evento "Al hacer click" del botón...
Un saludo y espero haber sido de ayuda...