Ejecucion de Aplicacion

Lo que comentas me parece raro, ¿has verificado mediante una traza del Profiler que este pasando correctamente tu query a la base de datos?
Descartemos primero eso, luego vemos si el problema va por el lado de la bd o del aplicativo, que puede ser que falte setear algo más.

Este es el procedimiento:
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-- Author: Nieva Miguel A.
-- Create date: 14/07/2009
-- Description: Genera archivo SDF de cables por Distribuidores
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ALTER PROCEDURE [dbo].[GeneraSDFPorFuente]
AS
begin
    DECLARE @Fuente  varchar(50)
    DECLARE @sql  varchar(5000)
    DECLARE @guion  varchar(5)
    DECLARE @comilla  varchar(5)
    DECLARE @doblecomilla  varchar(5)
    DECLARE @sql0  varchar(2000)
    DECLARE @sql1  varchar(2000)
    DECLARE @sql2  varchar(2000)
    DECLARE @sql3  varchar(2000)
    DECLARE @sql4  varchar(2000)
    DECLARE @sql5  varchar(2000)
    IF OBJECT_ID ('VistaCables', 'V') IS NOT NULL
        SET @sql0 = 'DROP VIEW VistaCables'
        EXEC(@sql0)
    DECLARE CursorFuentes CURSOR FOR
        SELECT DISTINCT
            lnk2.linkValue AS Fuente
        FROM dbo.mngCadenaT
            INNER JOIN dbo.sprLinks AS lnk2
                ON lnk2.objectId = dbo.mngCadenaT.Fuente
        WHERE
            (lnk2.linkId = 30) AND (lnk2.logIdTo = 0)
    OPEN CursorFuentes
    FETCH Next FROM CursorFuentes
        INTO @Fuente
    SET @comilla = ''''
    SET @doblecomilla = '"'
    SET @guion = '-'
    While @@FETCH_STATUS = 0
        BEGIN
            SET @sql0 = 'CREATE VIEW VistaCables AS SELECT TOP(100) PERCENT (' + @comilla + @doblecomilla + @comilla + ' + CAST(sprObjects.objectId AS varchar) + '
                        + @comilla + @doblecomilla + @comilla + ') AS objeto, ('
                        + @comilla + @doblecomilla + @comilla + '+ RTRIM(COALESCE(Fuente, ' + @comilla + @guion + @comilla + ')) + ' + @comilla + @doblecomilla + @comilla + ') AS caption, '
            SET @sql1 = 'sprObjectVertixs.y, sprObjectVertixs.x FROM sprObjects INNER JOIN sprObjectVertixs ON sprObjects.objectId = sprObjectVertixs.objectId '
            SET @sql2 = 'INNER JOIN mngEntidades ON sprObjects.sprId = mngEntidades.sprid LEFT JOIN mngCadenaTopologica3 ON sprObjects.objectId = mngCadenaTopologica3.Obj '
            SET @sql3 = 'WHERE logIdTo = 0 AND objectType = 11 AND sprObjects.sprId IN (SELECT sprId FROM sprEntities WHERE netTypeId = 2) '
            SET @sql4 = 'AND Fuente = '
            SET @sql5 = ' ORDER BY sprObjects.objectId, vertixOrder'
            SET @sql  = @sql0 + @sql1 + @sql2 + @sql3 + @sql4 + @comilla + rtrim(@Fuente) + @comilla + @sql5
            EXEC (@sql)
--            SELECT @sql = 'bcp EdeseGis2..VistaCables out C:\temp\DatosBCP\Distribuidor-' + rtrim(@Fuente) + '.csv -c -t, -SGIS2K -Usa -Ppesk2'
            SET @sql = 'bcp EdeseGis2..VistaCables out E:\ProjectsFiles\EdeseGis2\SIPREnet\SDFs\Temp\Copia\Dis' + rtrim(@Fuente) + '.csv -c -t, -SGIS2K -Usa -Ppesk2'
            EXEC master..xp_cmdshell @sql
            IF OBJECT_ID ('VistaCables', 'V') IS NOT NULL
                SET @sql0 = 'DROP VIEW VistaCables'
                EXEC(@sql0)
--            SELECT @sql = 'C:\ProgramFiles\MapGuideSDFLoader6.5\sdfld32i.exe /IC /WO /COORDPREC:32 /COORDSYS:IN:LL84:OUT:*XY-MT* /TL /TYPE:L /OS /NOEXT "C:\temp\DatosBCP\Distribuidor-' + rtrim(@Fuente) + '.csv" "C:\temp\DatosBCP\Distribuidor-' + rtrim(@Fuente) + '.sdf"'
            SET @sql = 'C:\ProgramFiles\MapGuideSDFLoader6.5\sdfld32i.exe /IC /WO /COORDPREC:32 /COORDSYS:IN:LL84:OUT:*XY-MT* /TL /TYPE:L /OS /NOEXT "E:\ProjectsFiles\EdeseGis2\SIPREnet\SDFs\Temp\Copia\Dis' + rtrim(@Fuente) + '.csv" "E:\ProjectsFiles\EdeseGis2\SIPREnet\SDFs\Temp\Copia\Dis' + rtrim(@Fuente) + '.sdf"'
            EXEC master..xp_cmdshell @sql
            FETCH Next FROM CursorFuentes
            INTO @Fuente
        END
    CLOSE CursorFuentes
    DEALLOCATE CursorFuentes
END
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y esto hace en la aplicacion:
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Imports System.Data.SqlClient
Module Module1
    Sub Main()
        'Ejecuto procedimiento almacenado
        Dim cnCadena As String
        cnCadena = "Data Source=192.168.1.2;Initial Catalog=EdeseGis2;"
        cnCadena &= "Persist Security Info=True;User ID=sa;Password=pesk2"
        Dim cn As New SqlConnection(cnCadena)
        Dim cmdProcedimiento As SqlCommand = New SqlCommand("[EdeseGis2].[dbo].[GeneraSDFPorFuente]", cn)
        cmdProcedimiento.CommandType = CommandType.StoredProcedure
        Dim drProc As SqlDataReader
        cn.Open()
        drProc = cmdProcedimiento.ExecuteReader
    End Sub
End Module