La verdad es que nunca he hecho ese tipo de integraciones así que me temo que no voy a poder serte de mucha ayuda.
Investigando un poco por Google he visto este post que quizá te ayude: http://www.sqlservercentral.com/Forums/Topic712359-149-1.aspx#bm1235407
Básicamente dice que puedes ejecutar un Acitve Script X con SSIS para abrir el excel y ejecutar la macro:
Function Main()
Dim Excel_app
Dim ExcelCode
Set Excel_app = CreateObject("Excel.Application")
set ExcelCode = Excel_app.workbooks.open("\\mrtb03.dr.snfores.com\tb\prodSCD\XXX\INFXXSUS\XXX_CVR_CS\Template\VBACode.xls")
Excel_app.Run "Start"
ExcelCode.Close
Excel_app.Quit
Set Excel_app = Nothing
Main = DTSTaskExecResult_Success
End Function
No lo he probado y no sé si funciona pero espero que te pueda dar una idea de como solucionar el problema.
Lamento no serte de más utilidad.