Paypal Business y Hacienda

Si haces un negocio, sea on-line, offline o de cualquier otra forma, debes estar dado de alta en actividades económicas y por lo tanto realizar o que te realicen retenciones a cuenta del IRPF así como cobrar y pagar y por tanto hacer declaraciones periódicas de IVA.
Otra cosa es que Paypal te aplique algún tipo de retención de IRPF, esto es algo que puede ser normal y si no lo hace Paypal (lo desconozco) lo debes hacer tu, en España, a los autónomos se les retiene un 15%, si no te lo retiene el que te paga, cosa que es normal si son particulares, lo tienes que ingresar tu en Hacienda, como te he comentado.
Lógicamente, esto son pagos a cuenta y cuando realices la declaración de la renta te devolverán o no en función de tus ingresos y gastos.
Aparte de esto, supongo que Paypal te cobrara unas comisiones por el servicio, que están sujetas a IVA, con lo que te cargará el % que corresponda (Paypal esta en Luxemburgo y allí el IVA es un 15,5% si no me equivoco). Este iva lo tendrás que repercutir en la declaración trimestral, o sea, descontarlo del iva que has cobrado y que tienes que ingresar en hacienda.
Otra cosa sería si constituyeses una sociedad, entonces no tendrías que hacer lo del IRPF, ya que una sociedad está sujeta al impuesto de sociedades, no al IRPF, aunque si que tendrías que hacer las correspondientes declaraciones de IVA.
Más concretamente, la respuesta a tu pregunta es Hacienda no te quita dinero si abres una cuenta Business en Paypal, sino si haces una actividad económica, más que "quitar dinero" se llama "pago de impuestos" ;)