He estado comprobando apache para windows, y no he encontrado ningún problema para lanzar CGIs .exe con la configuración por defecto.
Según esta configuración, se considera que es un script(o peograma) CGI, cualquier ejecutable que se encuentre en el subdirectorio cgi-bin dentro de aquel en el que hayas instalado el Apache. Para lanzar el cgi, puedes acceder en la url /cgi-bin/fichero.exe.
Me explico :)
*Supongiendo que apache este en c:\apache
*Tienes un directorio
c:\apache\cgi-bin
*Si copias en ese directorio el fichero micgi.exe, de modo que tengas
c:\apache\cgi-bin\micgi.exe
*Puedes acceder desde tu navegador con
http://localhost/cgi-bin/micgi.exeTambién puedes cambiar esta configuración a tu antojo. Te recomiendo echarle un vistazo a apache\httpd.conf donde encontraras configurados la mayoría de los aspectos del apache. En concreto, a la directiva ScriptAlias donde se encuentra esta config por defecto que te he comentado.
Bueno, creo que eso es más o menos todo :).