Organización de archivos en Tomcat

Estoy empezando a trabajar con Tomcat y no tengo muy claro donde tengo que`poner los archivos para que todo funcione.
De momento la única forma que he encontrado para que me funciones es poner los servlets en la carpeta webapps/examples/webinf/classes y los applets en webapps/examples/jsp
Pero si creo una carpeta con el nombre de mi aplicación y la cuelgo de webapps y pongo los archivos en una estructura de ficheros igual no me funciona.
Tampoco tengo muy clara cual es la función del fichero web.xml, porque al poner los servlets en la carpeta examples no me ha hecho falta modificarlo