He estado mirando un poco como funciona una aplicación web en el netBeans. Al parecer al ejecutar la aplicación web con el tomcat que viene con este, se crea un fichero con la extensión .war en un directorio llamado "dist" en la ruta del proyecto.
Lo que yo haría es instalarme el Tomcat 5.0 o superior (es el que conozco). Luego ese fichero war solo tienes que copiarlo al directorio <TOMCAT-HOME>/webapps. Una vez ahí solo tienes que arrancar el tomcat(puedes poner que se arranque con el sistema operativo). Y ya solo tendrías que ejecutar la aplicación poniendo en el navegador "
http://localhost:8080/<proyecto>.
Este "<proyecto>" seria el nombre con el que se despliega la aplicación, es decir el nombre que tiene el fichero con extensión .war
Ya te digo que esto es lo que yo hago. Eso si yo siempre uso eclipse, supongo que con netBeans en lo mismo aunque la estructura de proyecto que crea eclipse no es la misma que netBeans.
Intentalo y consúltame lo que sea que intentare ayudarte.