Resolución de la pantalla

Deberías poner el js en una página inicial vacía, que llame a la página frameset, la que contiene los 3 marcos.
Y deberías ajustar los marcos dependiendo de la resolución.
He tenido varias respuestas a ese script, y aclaro que no siempre es la solución más acertada.
Es una solución para cuando ya no tenemos más recursos de ajuste, un caso extremo, digamos.
Lo ideal es diseñar desde un principio una página que pueda verse en todas las resoluciones posibles. Generalmente se diseña básicamente en 800*600, que se ha vuelto el standard más chico, aunque ahora se está optando más a plantear como mínimo ya 1024, debido a la proliferación y menores costos de los monitores de 17".
A veces se soluciona todo con plantear bien el diseño desde el principio, al ir pensando ya como podría verse o adaptarse a una resolución mayor, nos ahorramos tiempo después con el toqueteo del código y demás.
Por eso, antes que nada, aconsejo que al diseñar ya vayan viendo como resolver todo esto.
Claro que es cuestión de práctica, que yo tampoco nací sabiendo y cometí todos los errores que cometen todos. Pero aprendí de ellos lo mejor que pude.
Comentaba a otros que ese script lo he utilizado sólo una vez donde tenía que hacer que un sitio hecho en flash en un popup se viera más grande según la resolución por pedido a última hora de la clienta.
Lo aconsejo tal vez para quienes no se dan maña o faltos de experiencia, pero lo desaconsejo sólo por el hecho de que en un sitio muy grande se vuelve engorroso a la hora de tener que modificar páginas, ya que se van multiplicando según las resoluciones que queramos tener.
Espero que te sea de ayuda, y si necesitás más ayuda, con ver el sitio, o ver el código puedo ayudarte más.
www.eternus.com.ar
Es el sitio donde lo utilicé.