Como depurar lógica del código PHP

Hola, una pregunta muy sencilla:
Soy programador de JSP y me estoy iniciando con PHP, y solamente quisiera saber como se depuran los programas PHP, no los errores de sintácticos sino de lógica.
En JSP esta la consola del contenedor JAVA, en la cual a través de System.out.println puedes ir imprimiendo los valores de la variables y con mensajes sacar por donde va el flujo del programa sin alterar lo que HTML saca en el navegador.
En php los echo o print salen en la pantalla del navegador y queda muy chapuza y además los tienes que quitar si los pones en explotación. ¿Existe alguna otra forma?
Gracias por adelantado.

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Respecto a la depuración de lógica del código, solo se puede hacer un echo o print ya que de esta forma verifica si esta siguiendo los pasos bien en tu código, ya que si no lo muestras eso mensaje de verificación no podremos averiguar que realmente esta fallando, normalmente cuando quiero mostrar algo y veo que luego puedo mostrarlo lo comento y de esta forma no aparece y quitando el comentario aparece. Seria así
Ej
//echo $comentario;
o
/*echo $comentario;
echo $comentario2; */
De esta forma no aparecen el contenido por el navegador y si quiero que lo nuestre para ver que todo esta saliendo bien o esta pasando por los lugares indicados.
Gracias por contestarme.
Pero sigo viendo muy chapuzero depurar una aplicación algo compleja a golpe de echo.
Sigo buscando métodos más prácticos, si consigo algo interesante te lo hago saber.

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