Como depurar lógica del código PHP

Hola, una pregunta muy sencilla:
Me estoy iniciando con PHP, y solamente quisiera saber como se depuran los programas PHP, no los errores sintácticos sino de lógica.
Conozco JSP y con JSP está la consola del contenedor JAVA, en la cual a través de System.out.println puedes ir imprimiendo los valores de las variables y con mensajes sacar por donde va el flujo del programa sin alterar lo que HTML saca en el navegador.
En php los echo o print salen en la pantalla del navegador y queda muy chapuza y además los tienes que quitar si los pones en explotación. ¿Existe alguna otra forma de hacer debugging para conocer los valores de las variables y el flujo del programa?
Gracias por adelantado.

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Puedes usar programas como PHP Coder que te permiten hacer un debug de la aplicación, lo que tienes es que configurar al programa Php Coder para que permita debugin, te lo puedes bajar; pero la forma que más ayuda es el imprimir temporalmente el valor de las variables con echo y printf.
Gracias por contestarme.
La verdad vengo del mundo de Visual Basic y manejar estos lenguajes de aplicaciones web a base de prints por todos los lados me parece muy primitivo y muy pocos prácticos para aplicaciones complejas.
Indagaré con PHP Coder.
Gracias por tu colaboración.

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