Ya hice el ejercicio, pero aun no tengo claro que es lo deseas eliminar, si los mil registros anteriores o el registro mil-uno.
Entonces hice los dos ejemplos:
if ($numero > 10) /*hice el ejercicio con 10 registros, tu lo cambias por 1000*/
{
/*HAGO UN BARRIDO DE LA TABLA Y ALMACENO EL ID DEL REGISTRO 1001*/
while($rs=mysql_fetch_array($result))
{ $ultimoregistro = $rs['co_id']; } //ojo co_id es el id de mi tabla, coloca en tuyo
//Mi tabla se llama comercio coloca la tuya, y debes usar uno de los dos DELETE no ambos, la diferencia esta en el signo ! Que le dice al sql que borrar.
/*LE DIGO QUE BORRE LOS MIL ANTERIORES Y DEJE EL ULTIMO REGISTRO*/
mysql_query ("DELETE FROM comercios WHERE co_id != '$ultimoregistro'");
/*LE DIGO QUE BORRE EL REGISTRO 1001*/
mysql_query ("DELETE FROM comercios WHERE co_id = '$ultimoregistro'");
}
Ahora este código lo debes ejecutarlo al momento en que se estén haciendo los insert en tu sitio web, para que se active una vez se detecte el registro 1001