Como programar en php y javascript

Bueno Expertos tengo una duda estoy armando una pequeña aplicación web y quisiera saber como hago para llamar a la función que esta en javascript (archivo.js)
Dentro del código html o php que esta en otro archivo (*.php o *.html) ...
¿Se puede hacer esto?
Les agradecería si es que me brindan el código de como hacerlo
Gracias de antemano a la persona que me brinde su ayuda

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No he entendido muy bien lo que quieres hacer, si es lo que yo he entendido, ¿es qué quieres llamar a una función JavaScript externa que está fuera de lo que es la página?
Si es ése el caso puedes hacerlo de la siguiente forma.
<SCRIPT SRC="ruta_archivo/nombre_archivo.js">
</SCRIPT>
En el caso de que el archivo.js lo tengas en la misma carpeta donde estás ejecutando la página, no te hace falta poner la ruta_archivo, ésto es, si la tuvieras en otra carpeta diferente.
Espero haberte sido de ayuda, si ésta no era tu pregunta, tranquilo que todo lo que uno quiera hacer se puede hacer. No hay límites.
Entonces si quieres vuelve a preguntar e intentaré ayudarte de nuevo.
¿Para llamar la función que esta dentro del archivo.js como haría?
Yo trabaje en un principio dentro del código html así:
<input type="Button" name="btnregistrar" id="btnregistrar" value="Registrar" onClick="verificarCasilla(this.form)"/>
Pero por cuestión de orden lo quiero trabajar el código javascript en otros archivo y en el código html solo invocarlos.
Efectivamente, la función verificarCasilla(valor) estaría dentro del archivo.js simplemente poniendo las instrucciones que te puse antes, estás relacionando la página con un archivo.js no te hace falta nada más.
Para expresarme un poco mejor, al indicar <SCRIPT SRC="ruta_archivo/nombre_archivo.js">
</SCRIPT>, o sea lo que puse antes, es como si te pegara todo el contenido del archivo en la web, pero en realidad no lo hace, se utiliza mucho por tener mas limpieza y para tener mas privacidad en el desarrollo.

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