Los Pop-up por abuso de muchos desarrolladores y con malos fines, los navegadores de por si los bloquean.
La mejor forma de poner algún contenido publicitaro como si fuera una web nueva, pero simulada en la misma web.
Necesitas hacerlo con HTML dinámico o DOM, como tu mejor veas.
Por ejemplo, dentro de un contenedor div, te montas tu estructura que deseas anunciar.
Más o menos así, tu luego te lo montas a tu gusto y lo adornas:
<div id="publicidad" style="visibility:visible;position:absolute;left:0px;top:100px;">
<h2 onClick="javascript:document.getElementById('publicidad').style.visibility='hidde'">CERRAR</h2>
<img src="imagen_publicidad.jpg">
</div>
Más o menos funciona así a grandes rasgos.
La position:absolute -> le das un atributo de posición absoluta
El left-> en que posición en pixels quieres que empiece el letrero por la izquierda en la página
El top-> lo mismo que el left pero por arriba.