Sincronización entre ERP y tienda online...

Ante todo saludarte y agradecerte la ayuda que me puedas prestar.
Veras, tengo una tienda online con su correspondiente pago con TPV, trabajo en una máquina apache, con una base de datos MySQL.
El servidor donde se aloja esta web, es un dedicado conectado a una red de 100Mb de ancho de banda.
No hace mucho nos han desarrollado un ERP para llevar la gestión y facturación y estamos en proceso de desarrollar una herramienta para sincronizar la facturación y el stock entre el ERP y la tienda online.
No solo vendemos por web, también vendemos por catalogo, de manera que el stock puede ser servidor por 2 vías, internet o catalgo.
La empresa que nos ha desarrollado el ERP nos ha propuesto lo siguiente;
"Desarrollar una herramienta para la sincronización que estará residente en un PC de la oficina, de modo que cada POR tiempo irá comprobando si en la web se ha realizado un nuevo pedido para proceder a actualizar los datos de facturación en el ERP y los datos de stock en la tienda.
La manera en que se realizará este proceso nos comentan que será utilizando una conexión FTP, de manera que cuando en la web se realice un pedido, se ha de generar en una carpeta determinada un TXT con los datos de dicho pedido.
El programa de sincronización mirará en esa carpeta cada POR horas y si hay un fichero, se conectará vía FTP, lo descargará, lo leerá y actualizará los datos en el ERP, posteriormente este soft de sincronización generará otro TXT que subirá a la web. Este TXT que se sube a la web, tendrá que haber una tarea programada en el servidor (un CRON) que coja dicho fichero, lea los datos y actualice el stock de productos que tenga que actualizar."
Bueno, esta es la opción que nos dan, yo no estoy muy de acuerdo y mi propuesta fue que realizaran la conexión directamente contra la base de datos MySQL de la tienda online utilizando la librería nativa de MySQL. Pero solo hacen que decirme que eso iría muy lento y que es más rápida la conexión FTP.
Por ello he acudido aquí, para ver si alguien me pude confirmar si todo este proceso vía FTP es bueno, o normal en este tipo de aplicaciones.
Yo creo que es más ágil la conexión con la librería MySQL y que es más seguro, con los TXT siempre puedes tener problemas de codificaciones raras de caracteres y que bueno, los servidores están más optimizados a trabajar con transacciones entre bases de datos que no conexiones FTP...