Ocultar archivos del resto de usuarios

Si es con windows puedes utilizar los permisos que te brinda ntfs:
Ves a la carpeta, archivo, partición que quieras poner permisos, le das a propiedades, seguridad, opciones avanzadas.
Si solo quieres ver los archivos tu y supongo que seras el administrador con que quites al grupo de usuarios ya nadie puede ver esos archivos, también tienes que tener en cuenta que tienes que ser tu el propietario de los archivos.
Si lo que quieres es denegar algún usuario/s en concreto le das a agregar buscas el usuario y deniegas todos los permisos.

En páginas como softonic hay programas en los que puedes ocultar tus archivos mediante una carpeta con contraseña. Aquí te dejo uno.
http://folder-protection.softonic.com/
Aquí hay otra manera
http://www.alegsa.com.ar/Notas/245.php
Suerte

por aquí http://www.configurarequipos.com/doc502.html
Este sistema arriba enlazado, sólo funcionará con sesiones diferentes de usuario. Si no es el caso necesitarás crear un usuario distinto o también puedes optar por software específico para proteger tus archivos:
http://www.portalprogramas.com/gratis/proteger-archivos
Para cualquier duda puedes volver a ponerte en contacto conmigo. Un saludo.

Si, utilizando los permisos de archivos del sistema NTFS, te recomendaría alguna lectura sobre "permisos de archivos en winNT", busca en google, encontraras muchísima información y tutoriales =).
http://www.google.com/search?hl=es&client=opera&rls=es-ES&hs=qfO&q=setear+permisos+NTFS&btnG=Buscar&lr=