A ver, que los conectores PCI o USB o SATA funcionen en la placa no significa que que la ranura PCI-Xpres esté bien, por desgracia es muy común que esto ocurra un conector que por algún motivo se daña uno de los pins de conexión dentro del zócalo y eso no ha de afectar al resto de la placa madre. Para activar de modo eficiente la gráfica interna basta con retirar la gráfica pinchada en la PCI-xpres y conectar el cable vga en el conector vga correspondiente a la gráfica interna, arrancas y el resto lo hace la placa, otro modo de asegurarse es entrar en la bios y cambiar la configuración de la gráfica en las opciones de hardware pero el sitio dependerá de la bios, cada fabricante lo pone en un sitio distinto, en las opciones también puedes aumentar la cantidad de ram asignada(64, 128, 256 o 512 MB) lo que has de entender que la gráfica interna se alimenta de la memoria ram del ordenador y que si vas a usarla mucho tiempo casi mejor aumenta la ram para no notar la pesadez de la gráfica, ademas mira de comprobar la gráfica PCI-xpres en otro ordenador para descartar posibilidades, una ultima comprobación que vendría bien es la de reiniciar la bios, desenchufa el equipo de la corriente y abre la tapa, busca la pila botón grande de la placa y retirala, solo necesita 10 segundos pero por costumbre y seguridad suelo esperar un par de minutos, de mientras me entretengo en pulsar compulsivamente el botón de arranque del equipo para vaciar los condensadores del ordenador y de la fuente, reinserta todo alimenta de nuevo el ordenador y arranca el ordenador te dirá que hay algún tipo de fallo (o debería) así que nada mas arrancar entra en la bios y busca la opción de cargar las opciones por defecto, pon la la fecha correcta, ajusta la gráfica si has de cambiar algún parámetro y lo reinicias con eso si fuera un fallo de la bios se eliminaría y de paso reducimos posibles sospechosos de la lista, ademas es común que cuando la bios falle o se quede pillada (muy común) no muestra imagen la pantalla, también lo hace cuando la ram está dañada pero a veces con sacar los módulos y volver a meterlos basta aunque si fallan es por culpa de polvo acumulado de hecho es imperativo que una vez al año se limpie el equipo por dentro preferiblemente con aire comprimido (en una gasolinera si no tienes compresor) eso mejora el rendimiento del ordenador y resulta útil para reducir la temperatura del ordenador ademas de que consumirá menos electricidad por lo que es muy beneficioso, cuando tenga un rato he de hacer un video de esto y subirlo a youtube es algo poco conocido pero muy útil.